随着水下探秘进程的加快，专家们认为新发现具有重大意义，打破了许多原先的理解和假设，修正了上次水下探秘的一些推断：“水下古城”――称之为水下建筑遗迹更为准确，城市形成的证据尚不充分；“水下金字塔”――证实其为金字塔的证据较少，但就台阶的形制来说，可以判断是一个具有某种宗教意义的阶梯式建筑；“古滇国俞元古城”――唐朝南诏都城都没有发现石质建筑群，多为夯土结构，此前疆域较小的古滇国不太可能出现大规模的石头建筑群。
同时，这一次探秘的发现也带来更多难解的谜团。最大的谜团是这些水下建筑群的年代和“身份”。李昆声激动地说：“尽管坍塌了，抚仙湖水下的建筑遗迹有２．４平方公里的规模，有许多难以理解的符号和图案，这些可以让我们确认，抚仙湖水下建筑群是一个重大发现，也隐藏着巨大的秘密。”
