在过去的几年中，已经有很多研究都在试图探索古代鸟类以及飞鸟类恐龙是什么颜色的。化石羽毛的微结构在电子显微镜下可以清楚地显示出来，可以看到由多种颜色形成的一个“包”，这种东西被称为黑素体。这种黑素体的形状与它所呈现出来的颜色有密切的联系，所以科学家们不需要花太多功夫，就可以推测数千万年前古动物的颜色和模样。令人兴奋的不止这些，如果用更先进的技术，你就会知道，我们现在所做的仅仅是管中窥豹而已。 古生物学从化石中提取的东西比较稀罕而且不完整，所以他们试图把数据增加到最大限度。透过电子显微镜，我们可以观察到细如几微米的微观世界。最近，研究人员也试图通过它来分析地表底层羽毛化石的化学成分。
化石中的各种元素轨迹可以通过同步粒子加速器检测。这对于研究有很大的帮助，因为即使羽毛或类似的软组织腐烂掉，它们中的化学成分仍可以被检测出来（如铜，通常是红色羽毛中的成分）。简而言之，即使没有羽毛的痕迹，甚至连黑素体也没有，生物原始的颜色仍可以通过元素的轨迹推测出来。 最近一个羽毛化石的化学元素同步分析显示，着名的“世界第一只鸟”始祖鸟的前缘和尖翅是深颜色的，而且尾部边缘没有色素沉着，也有可能是白色的。 虽然有一些羽毛化石的显示非常清晰，可以看到上边带着黑色斑点，但仍有一些化石让人难以捉摸。事实上，它们的颜色非常接近它们所在的岩石，所以整个连骨骼的框架都很难辨析。人类在自然采光下的视野相当有限，很多东西我们无法通过肉眼看到，所以如果把视野扩大到正常光谱和紫外范围外，我们会看到很多难以想象的细节。坦率的说，那简直是另一个世界。
