大约在30万年前，熊猫种群分化成为秦岭和非秦岭两支。而模拟结果显示，在4万年前左右，非秦岭种群扩张了三倍，而秦岭种群则下降了80%。其后，非秦岭种群数量逐渐减少，而秦岭种群则渐趋稳定。大约在2800年前，非秦岭种群分化成两个分支，即岷山熊猫和邛崃山-大小相岭-凉山熊猫，形成了如当前稳定的三个遗传系。
在对秦岭熊猫的进一步分析中，相比于自然环境，研究人员指出人类活动对其造成的影响更为严重。在我国从春秋时期的农业变革和林地开垦，到汉唐时期的砍伐森林修建宫室和以熊猫为娱乐及外交策略，无不对其生境和种群造成严重影响。
