按照辩证法的观点，凡事有其利就必有其弊。我们必须冷静地看到，特许经营虽然有其“三赢”的诸多利益，但在实际经济生活中，特许经营本身还有着许多不可忽视的弊端。这些弊也是我们应当了解的，至少可以使我们在特>许经营中避免掉入这样那样的陷阱。
对特许经营，简而言之，其弊主要体现在如下几个方面：
（一）对特许人之弊
1、容易对有些资源失去控制并变得对受许人过分依赖。虽然有合同的约束，但特许人把业务交由受许人来做，就不可避免地会遇到对某些资源、功能、厂家等的过分依赖和失控现象，而不能完全自主的状况显然是一种不好的潜在威胁。
2、因为特许经营的“克隆”效应，既容易“一荣俱荣”，也当然地容易“一损俱损”，公司声誉和形象会受个别经营不好的加盟店的影响。
3、特许经营合同限制了策略和战略调整的灵活性，在特许经营地区内企业扩展受到限制。
4、当发现加盟店店主不能胜任时，无法更换。如果特许人的职员与受许人有矛盾，双方不能共存，则会破坏特许人与受许人之间的信任。特许人必须确保他选择的人适合该项特许业务，有能力承担经营自己业务的责任。
5、难以保证受许人产品和服务质量达到统一标准。特许人必须保证产品和服务的质量标准，并在整个特许体系中保持它。他的现场支援人员既为受许人提供各种支持，又是执行这些标准的监督。特许人的职员中负责联络受许人的，必须善于发现受许人的问题，协助受许人适应特许制度。对于各种小缺陷不及时加以分析处理，明天就可能变成难以对付的大问题。
（二）对受许人之弊
1、必须提供用于创立和经营分店的资金、再投资资金、遣散费、补贴和用作遣散费用、失业费用、公司养老金等的保证金等，这些资金的筹集与投入都是一个不小的风险。
2、受许人必须与经营分店同呼吸、共生存，工作强度大，尤其在创业初始阶段；同时他还得全身心地致力于学习、建设和维持特许经营并扩展分店。
