主要原因是大多数系统的成本较高，而中小企业的起点很低，市场上缺少适合中小企业起步的信息系统。而多数开发商认为，物流信息系统市场在低端不具备开发价值。
第二大瓶颈是我国物流信息化缺乏拥有自主知识产权的信息系统
目前国内的研发能力与国际同行还存在一定差距，物流信息系统的标准较为混乱，不成体系，难以实现互联互通和信息共享。当今中国相对成功的电子商务网站仅完成了信息发布和网上议价过程，而针对生产、仓储、运输、支付等相关物流范畴的网络信息建设，却极为滞后。对物流而言，价格确定毕竟不是结束，而是开始。谁解决了网上物流、传统物流和网上交易三者之间的协调配合，谁就将成为未来网络经济的真正主导者。
第三大瓶颈是软件开发商难以赢利
物流软件是管理软件，需求的个性化和生产的批量化难以统一，因此造成开发成本极高。解决这个问题的关键是如何规范信息技术和开发的模式，加强咨询服务，以满足企业个性化需求。虽然"网络物流"软件设计的进入门槛很高，但是一旦进入，获利空间是非常大的。
第四大瓶颈是提供基础信息和公共服务的平台发展缓慢
(全球卫星定位系统)、GIS(地理信息系统)技术服务在大型企业的应用为23%，在大型物流企业的应用仅为12.5%，在中小企业基本是空白。基础技术服务应用比例过少，整个行业的整合就相对困难。
第五大瓶颈是物流信息化发展战略暂属空白
我国的物流信息化发展还需要一个培养人才、培养需求、培养管理技术的过程，但多数系统开发商缺乏战略眼光，未提出我国物流信息化长期发展的战略目标。
