进口方面
由代理报关单位到铁路领取运单及有关单据并合同先到检验检疫局报验，报验完毕后到海关报关，海关根据报关单工具税单，将票据返还代理报关单位，报关单位将票据再返还给铁路，铁路安排车辆换装货物，海关、检验检疫局在换装现场开展查验、监管、抽样工作。换装完毕后，票据返还代理报关单位，代理报关单位再到检验检疫局开具通关单到海关凭具报关单、税款单给予放行。铁路收到已通关放行的票据后，根据要求货物发往目的地，编制计划、发运。 大致程序如下： 经营单位和代理报关单位签署协议－提供有关单据货物到：代理报关人－铁路领取运单－检验检疫局报验－海关报关－铁路换装－代理人到检验检疫局领取通关单－海关放行－铁路编制计划－发运。
出口方面
经营单位将出口货物的有关单据提供给代理报关单位，货物到口岸后，代理报关单位到铁路领取运单后，到检验检疫局报验、查验、抽样，凭检验检疫开具的通关到海关报关，海关查验、征税后放行，铁路编制计划发运。大致顺序如下： 代理人领取运单－报验－报关－放行－铁路发运。
