第二阶段，作业分析。要建立“内部服务收费制度”，首先须将公司所有部门分为三类：
1前台部门，指那些直接与客户接触，进行业务操作的部门；
2产品直接服务部门，指提供与产品直接相关服务的部门；<3产品间接服务部门，指人事部、信息系统部等向其它部门提供与产品无直接关系的服务的部门。
其中第二类与第三类部门向第一类部门提供的服务即是进行内部交易的服务。在明确了哪些服务为内部交易对象以后，就需要进行作业分析，建立作业字典，对业务流程、作业与成本动因进行明确定义，将内部服务的成本分配给相关的前台部门。
第三阶段，识别与分析数据来源。在分析了各项内部服务的成本后，作为服务提供方的部门与作为服务购买方的部门进行协商，对成本数据来源进行分析与研究，最终商定内部服务的内容与购买价格。例如，研发部认为信息系统部为其提供的内部服务成本过高，却不能产生相应的收益，因而大大减少了从信息系统部购买IT支持服务的内容，该项成本开支也大大下降。此外，前台部门还需要利用相关成本数据分析主要客户、客户群及业务品种的利润水平，并采取相关措施确保本部门的利润水平。例如，证券自营业务在扣除内部收费后利润率为负，但又无法降低内部服务收费，因而应当对自营业务流程进行调整，设法降低成本，保证一定的利润率。
第四阶段，设计作业成本模型。根据协商结果签订内部服务协议。
第五阶段，实施作业成本模型。即公司内部开始根据签订的内部服务协议计算各部门的成本与利润，并进行绩效考核。
实施作业成本管理过程中，另外包括三项重要的工作：
1项目管理
2转变促成
3知识转移
项目管理是为了保证项目能够在规定的时间内保质保量完成。转变促成是为了顺利实现人员与组织的转变。知识转移则是通过联合项目团队、培训等方式使企业能够拥有一批充分掌握作业成本管理方法的人员，在项目结束后能够继续推进作业成本管理，使企业能够真正实现持续性的提高与改进。
