二是交易内容、方式不同：增资扩股持股是一种增量改革方式，管理层以增资扩股的方式向企业注入资金，从而持有企业的股份，不涉及到购买国有资产问题；而企业MBO则是一种存量改革方式，由企业管理层折价购买企业国有资产。
三是持股的数量不同。据报道，在即将出台的国务院国资委的《国有控股上市公司实施股权激励试行办法》中规定，从总量看，国有控股上市公司对管理层的股权激励授予数量总额不得超过公司总股本的10%，根据公司发展前景、市场因素、上市公司股本规模、授予人员的范围等只允许在10%以内调控。在公司IPO（首次公开发行股票）时，首次授予高管的期权数量控制在1%以内。此后，每次期权授予的数量原则上不超过首次授予的数量。个人累计获得期权激励数量不能超过1%.未经股东大会特别决议批准，任何已拥有超过上市公司5%股权的高管，不得参与股权激励。估计增资扩股持股的审定额度很可能与此接近。而企业MBO就完全没有这个限制，管理层可以购买企业的相当比例的股权，直至控股。
四是两者的可操作性不同。增资扩股持股目前已经没有任何政策上的障碍，但如果在大型企业实施，要求管理层具有足够的资金投入虽然也不是一件简单的事，但如果在大企业推行MBO，无论从哪一个方面来说都还不具备条件。
五是适用范围不同。增资扩股持股主要适用于国家需要重点发展行业的大型特大型企业，对中小企业来说意义不突出。MBO则特别适用于竞争行业的中小企业，在国家需要重点发展行业的大型特大型企业就不一定适宜推行。
六是增资扩股持股由于没有改变国资控股，所以不存在职工安置、经济补偿等问题；而如果实行MBO造成管理层控股的，就要制定职工安置方案，理顺职工劳动关系，对解除劳动合同的职工实行经济补偿，做好社会保险关系接续，处理好拖欠职工的工资等债务和企业欠缴的社会保险费等工作。
