第一，对于反映ERP核心流程的部分，尽量不做二次化，例如从MRPII转变而来的ERP产品，其生产管理流程比较标准也具有科学性，可以通过BPR来改变企业现有的生产管理流程来适应ERP的要求；另外，国内很多咨询公司给国外ERP产品做实施，咨询公司大多不具备修改国外产品核心流程的能力，因此也不会对核心流程进行修改。
第二，能够通过BPR进行业务流程重组的则尽可能修改企业的现行流程，以保证ERP软件的完整性。因为ERP软件经过一段时间运行后需要进行升级，而二次化修改的部分则不一定能很好的升级到新版本上去，造成维护的困难；并且国内ERP软件公司人员流动性比较大，如果实施过程没有严格按照规范的项目管理程序执行，则可能造成其他人员根本弄不清楚二次化修改部分的来龙去脉。
第三，软件二次化修改应尽可能集中在客户化上，比如客户对于报表格式的不同要求，只需要通过报表生成器来定义不同的报表生成格式，而不涉及到业务流程自身的修改。
第四，对于供应商ERP中不具备的功能或者企业现行的手工处理流程更好的部分，则需要进行ERP产品的二次化修改来更好地满足客户的需要，并且这部分二次化修改的功能可以有选择地加入至标准ERP产品版本中去，这点对于国内ERP产品尤为普遍。
第五，对于企业的业务流程模式与软件供应商的ERP产品差距较大，例如某软件供应商的ERP产品适合于机械制造行业，而实施对象企业是食品生产企业，这时二次化开发工作量很大。仅从单个项目来评价，这种类型的ERP实施项目是不经济的，软件供应商通常是基于进入其他行业的长远战略考虑才接手这样的项目，而二次化修改后的软件版本通常会当成行业解决方案。
项目经理在处理二次开发时，一定要慎重把握，对企业的业务模式进行详细调研与分析，在综合权衡利弊的基础上作出判断，组合应用BPR与ERP，以最佳成本效益率推动项目的顺利进行。
