（1）水产动物饲用酶制剂稳定性
目前在酶制剂的应用上存在饲料加工热稳定性、储存稳定性和水中稳定性的问题。
酶是一种具有生物活性的蛋白质，和其它蛋白质一样对温度很敏感。一般饲用酶的适宜温度为35～40 ℃。在水产动物饲料的制粒过程中，温度在90℃左右，尤其在膨化饲料中，温度能达到140 ℃，同时在高压、高湿的条件下制粒，酶的活性受到很大的损失，甚至有些酶活性已近完全丧失。
目前国产酶制剂在常温存放中也有失活问题，储存时间一般只有几个月，否则活性损失严重。
水产用酶制剂的使用和畜禽类的区别在于，水产用酶制剂必须能在水中保持较长时间而不溶失。
（2）作用机理研究的深入和标准规范的制订
目前对酶制剂的作用机理还不是特别清楚，应该深入研究酶制剂对水产动物生理和内分泌的影响。饲料中添加酶制剂，与一般酶的应用方法不同。因酶反应与水产动物体内存在的酶系有关，反应极为复杂，添加哪种酶，加人多少，随不同的水产动物、不同的原料种类及其配比而有不同的要求。因此，应重视应用试验，通过试验来决定添加酶的品种和酶活数量。相对国外酶制剂的活性来说，国产酶制剂的活性还很低。酶制剂活性的提高，关键靠技术进步，要提高发酵工艺，通过基因工程选择合适菌种。酶产品活性的大幅度提高，必将会降低成本，从而促进酶制剂在我国大规模的推广与应用。
酶制剂活性测定没有统一的标准，不利于学术交流和开展研究，限制了酶制剂的开发与应用。另外，在体外酶活性的测定不能完全反映水产动物体内酶的真实活性，因为影响酶制剂活性因素很多，诸如反应的底物、温度、PH值等。因此，规范酶活定义和统一酶制剂测定标准对于开发饲用酶制剂是相当重要的。
三、益生菌制剂
1、微生态制剂的分类方法较多。
(1)按使用目的，有生长促进剂、免疫促进剂、治疗剂、水质改良剂等；
(2)按菌种不同，有芽孢杆菌制剂、乳酸菌制剂、酵母菌制剂、蛭弧菌、光合细菌等；
(3)按菌种多少，有单一菌种制剂、复合菌种制剂。
微生态制剂大都具有以下三个基本特征：体外实验中能拮抗病原菌或快速降解有机质；能在养殖动物肠道、养殖水体中存活；感染实验中能提高养殖动物对病原体的抵抗力，促进动物生长。
按照菌种的不同分类可以分为：
(1)乳酸菌类，厌氧或兼性厌氧生长，能分解糖类产生乳酸；在动物体内通过生物拮抗降低PH，阻止和抑制病原菌的侵入和定植，维持肠道微生态平衡。
(2)芽孢杆菌，主要有枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌等，芽孢杆菌具有耐酸、耐盐、耐高温(100℃)的优点，能使空肠内的PH下降，促进淀粉、纤维素等分解。
(3)酵母菌，是喜生长于偏酸环境的需氧菌，可在肠道内大量繁殖。酵母菌富含动物所必需的多种营养成分，是维生素和蛋白质的来源，可以增加消化酶的活性，并能增加非特异性免疫系统的活性。
