一是缺乏对发展生态旅游的理性认识。“旅游业是无烟工业”的观念还比较流行。因而在发展过程中，一些地方重视对旅游资源的开发，而忽视旅游本身对环境的影响和资源的破坏。当旅游者把旅游资源当作取之不尽、用之不竭的财富去消费时，其认识上的差距和行为上的不当，就会造成旅游资源一定程度上的损坏和污染，加剧甚至激化旅游与资源、环境的矛盾。
二是缺乏系统的生态旅游专业规划。高起点、高水平的规划，是生态旅游业可持续发展的前提和打造旅游精品的基础。然而，在开发中，许多地方重视旅游本身及相关产业的布局规划，而忽视生态建设规划。在景观设计上，没有充分体现人性化和生态化设计理念，以致许多建构物与自然环境的气氛不协调。
三是缺乏科学的管理机制。目前，许多景区所有权、规划权、开发权、经营权集于一体，其对资源保护与开发仅仅依靠财政的投入和经营收入，无法对资源实施最有效的保护和长远的开发，旅游经营管理主体缺乏活力与生机，出现了有的资源因无序开发而耗费巨资进行整治、有的资源长期闲置等诸多问题。
四是缺乏基础设施建设资金。发展生态旅游必须要有相应的基础设施投入作保证。如都江堰、青城山、龙池、虹口等生态度假精品旅游区建设及旅游绿色快速通道建设都需要大量资金，由于资金短缺，导致旅游景点景观基础设施建设较薄弱，特别是交通、排污等设施较为落后，旅游开发与生态环境保护的矛盾比较突出。
五是缺乏生态旅游专业人才。真正意义上的生态旅游对产品设计有专业化的要求，涉及旅游学、生态学、环境学和经济学等多学科知识，技术较为复杂。但目前既懂生态学和旅游学知识，同时又能正确把握生态旅游内涵的专业人才和经营管理人才严重缺乏。旅游从业人员队伍整体素质不高，经验不足，外语导游缺口较大，整个旅游服务体系还存在着经营管理不善、服务质量不佳等问题。如龙池景区内部分导游没有经过专业知识不熟悉，不能把地质地貌的形成、动植物的分布及保护区生态系统的意义等自然知识讲解给游客，达不到让游客认识自然，增强环保意识的目的。