1964 年初，几佛独立党游击队解放了科莫岛，葡萄牙殖民军迅速展开反扑，但这并不管用，即便其空军的 F-86F“佩刀”战斗机从比绍起飞赶来助战对这次战斗的结局也没有丝毫影响。经此战以后，葡萄牙在几内亚比绍的军事行动能力渐渐萎缩，只能在各个据点的堡垒内据守，而无法对游击队发起反击;只能将殖民官员转移到安全区域内以保卫他们的人身安全，而无法控制广大人民，更不用说切断人民与游击队的联系了。从一开始，葡萄牙殖民军就没有打胜这场战争的希望。
然而葡萄牙人却并不甘心就此失败，他们仍在积极筹划反攻，目标当然是科莫岛。这是一个庞大且复杂的计划，代号“三叉戟行动”，是一次葡萄牙陆海空三军联合作战。战斗的过程很激烈，但葡萄牙殖民军队的进展却很缓慢，由于战斗、疾病以及营养不良，很多葡萄牙殖民军士兵在这个西非的小岛上受尽煎熬，最后慢慢死去。经过长达 71 天的激烈战斗，付出惨重代价的葡萄牙殖民军终于重新占领了这个岛屿。值得一提的是，在“三叉戟行动”中，葡萄牙空军总共出动了包括 F-86F“佩刀”战斗机和 T-6“德克萨斯人”教练攻击机在内的各种作战飞机总计 851 次，以支援地面部队的战斗。
但是仅仅只过了两个月，几佛独立党游击队就重新夺回了科莫岛上的阵地，这是因为葡萄牙殖民军还要在别的地方对付游击队，无法把主要兵力集中部署在科莫岛上的缘故。几佛独立党游击队在几内亚南部建立了新的根据地，特别是在康坦赫兹和奎塔芬半岛的根据地，对驻扎在卡迪奥和贝丹达的葡萄牙殖民军形成了合围之势，葡萄牙殖民军急忙调动兵力解围，几内亚比绍独立战争的焦点转移到了这里，科莫岛因此失去了战略上的重要意义。
葡萄牙殖民军并不甘心坐以待毙，他们也在积极地调动兵力以应对几佛独立党的攻势。在空军方面，葡萄牙空军加长了比绍的比萨兰卡空军基地的飞行跑道，将装备菲亚特 G.91R-4 战斗轰炸机的第 121 分遣队调入比萨兰卡空军基地以加强原驻军的力量。同时进驻比萨兰卡空军基地的飞机还包括 T-6“德克萨斯人”教练攻击机以及 Do.27 轻型飞机，它们与菲亚特 G.91R-4 一道负责近距对地攻击作战以及打击几佛独立党的后勤补给通道。
葡萄牙空军一般在早晨出动作战，他们首先趁天黑将飞机转移到前线机场并为飞机加满油，同时机组成员向他们的陆军同行了解最新的地面情报并制定打击计划，最后根据计划出动作战。
1968 年，几内亚比绍的政治局势发生了变化。新的葡属几内亚总督安东尼奥. 斯皮诺拉将军致力于缓和当地的局势。他大规模地搞基础经济建设，在当地修建学校、医院、住宅区以及公路，使几内亚比绍人民的生活水平有了一定的提高。另外斯皮诺拉将军还调来了三架 SA.316B“云雀 III”直升机作为民用通讯联络机。
在进行民政建设的同时，斯皮诺拉将军在军事上表现得比他的前任更加强硬，他强调要使用“一切方法”来对付游击队。于是从 1970 年起，葡萄牙空军的菲亚特 G.91 战斗轰炸机开始使用凝固汽油弹、落叶剂、除草剂等非常规弹药，特别是公路周边地带使用这些“武器”，以消灭公路周边的植被。这样做一方面可以减少殖民军遭到游击队伏击的可能性，另外一方面也可以在一定程度上切断游击队的后勤补给线。同时，斯皮诺拉将军还在外交领域展开攻势，他与邻国几内亚共和国总统塞科.托尔会谈，讨论相互合作以及释放被游击队俘虏，被关押在科那克里(几内亚共和国首都)的葡萄牙战俘的问题。
Do.27 单发轻型联络用机
但是会谈没有取得任何结果，葡萄牙人不得不回到战场上，他们唯一的选择是继续向几内亚比绍增兵，这一次他们动用了空军的 DC-6 和“诺拉特拉斯”向非洲运送部队。
葡萄牙殖民军开始攻击邻国几内亚和塞内加尔的一些边境村庄，这样就引发了新一轮的冲突并使战争升级。1972 年 11 月 22 日，400 名葡萄牙殖民军在几内亚共和国首都科那克里登陆，并一举占领部分几内亚首都政府要害部门。面对入侵，几内亚政府紧急征兆 8,000 余名退伍军人和民兵入伍，出动军队 5,400 余人，给入侵者以迎头痛击，于当日晚夺回被敌占领的要害部门和要点，击毙敌人 100 多人，俘敌 200 多人，胜利地粉碎了葡萄牙殖民军的入侵阴谋。
葡萄牙殖民军入侵几内亚共和国的目的有两个，第一是希望解救关押在那里的葡萄牙战俘，第二是希望引发几内亚国内反对塞科.托尔总统的起义。他们很快就实现了第一个目标，很顺利地救出了战俘，其中还包括一些空军的飞行员战俘。但是第二个目标却没能达到，不但如此，反而引起了相反的效果：苏联、古巴开始加大通过尼日利亚援助几佛独立党武装的规模。而在此之前，游击队就已经获得了数架伊尔-14 运输机，用于从塞内加尔向几内亚比绍的解放区运送补给品和武器弹药，这也标志着几内亚比绍空中力量的诞生。但可惜的是新生的几内亚比绍空军还太稚嫩，他们的飞行员还太缺乏经验，1969 年的某一天，由于缺乏地面导航，几个莽撞的几内亚比绍游击队飞行员竟然误把飞机开到了葡萄牙空军的比萨兰卡空军基地!
G.91 是葡萄牙在殖民地战争中的主力攻击机
在建立空中力量的同一时期，几佛独立党也建立了自己的装甲部队，主要装备了苏制 PT-76 水陆两用坦克以及 122 毫米多管火箭炮。
被葡萄牙缴获的安-14 运输机
1972 年，几佛独立党武装部队还得到了不少 12.7 毫米口径重机枪，对于葡萄牙空军的战斗机和直升机来说，这种重机枪就代表着灾难。不久之后，几佛独立党宣布正式建立空军，其主要装备是米格-17 战斗机，由东欧飞行员负责驾驶，基地设在几内亚共和国首都科那克里。从 1973 年开始，游击队开始使用萨姆-7 便携式防空导弹，这种导弹的出现迅速改变了几内亚比绍天空的格局。1973 年 3 月 23 日，葡萄牙空军的两架菲亚特 G.91 战斗机被这种导弹击落，六周之后，又有一架菲亚特 G.91 被击落，击落它的仍然是萨姆-7。连续损失三架菲亚特 G.91 对于葡萄牙空军来说是一个巨大的打击，他们马上停飞了所有的直升机和螺旋桨飞机，在战场上执行作战人物的只剩下菲亚特 G.91，而且菲亚特 G.91 的飞行员们被告知只能在树梢的高度做低空飞行，另外在飞行时必须谨慎，必须密切注意地面是否有萨姆-7 发射的迹象。由于葡萄牙空军从战场上空销声匿迹，葡萄牙殖民军陆军部队的士气遭到严重打击，他们知道当他们遭到严重伤亡的时候，再也不会有直升机来把他们撤出战场了。更不用提近距空中支援了，虽然菲亚特 G.91 偶尔也会来支援他们作战，但这种飞机速度太快了，大多数情况下，即便明知道它们就在头顶上空，但葡萄牙士兵们根本看不到它们，也听不到它们的声音。在几内亚比少的葡萄牙殖民军的士气于 1972 年斯皮诺拉将军离任后降到了最低点，与之相反的是几佛独立党武装部队士气的高涨，他们一鼓作气，最终攻占了战略要地古里杰，这是一个扼守后勤补给线的重要军事基地。
疲惫的葡萄牙士兵
1973 年 9 月，几佛独立党宣布葡属几内亚成立独立的共和国，但是战争仍未结束，葡萄牙殖民军仍在疯狂反攻，给几内亚比绍军队造成严重的伤亡，但同时葡萄牙殖民军也遭到了猛烈的还击。
战争的结局是在 1974 年，再也没有世界帝国的荣耀和资本，葡萄牙到了这时已经失去了把战争继续下去的动力，社会、经济和政治上的压力把葡萄牙逼到了崩溃的边缘。1974 年，葡萄牙国内发生政变，在里斯本成立了新政府，他们立即开始与几佛独立党展开政治谈判，谈判的结果是葡萄牙同意撤出所有部队。1974 年 10 月 10 日，几内亚比绍宣布独立，五天以后，最后一个葡萄牙殖民军士兵离开几内亚比绍。同年12月19日，几佛独立党还同葡萄牙签订了关于佛得角群岛独立的协议，1975 年 7 月 5 日佛得角共和国正式宣布独立，葡萄牙军队随即撤走。几内亚比绍人民和佛得角人民浴血奋战长达十一年之久，付出了 6,000 人牺牲的代价，总共打死打伤 1,875 名葡萄牙殖民军士兵，击落 21 架敌机，终于取得了民族解放战争的胜利。
葡萄牙在殖民地战争中使用的“云雀 III”直升机
在焦头烂额地应对游击队攻势的同时，葡萄牙政府还有另外一个更让他们头疼的问题。原来美国人觉得葡萄牙空军把 F-86F“佩刀”战斗机部署在非洲并将其用于与游击队作战感到不满，认为这样做削弱了北约在欧洲大西洋沿岸地区的防卫力量。因此在 1964 年 10 月，葡萄牙空军被迫将全部 16 架 F-86F“佩刀”战斗机撤回国内。有意思的是，华盛顿抱怨葡萄牙在几内亚比绍部署 F-86F 战斗机，但是却对葡萄牙空军部署在安哥拉的 F-84G 战斗轰炸机却不闻不问，其原因很有可能是因为 F-86F 可以用于防空拦截作战，而 F-84G 主要用于对地攻击作战。
正在挂弹的葡萄牙 F-84G
将 F-86F 撤回国内以后，葡萄牙空军在几内亚比绍面临着没有喷气式战斗机可以使用的窘境。为了解决这一问题，里斯本很快就与德国和意大利展开接触，讨论购买替代 F-86F“佩刀”的喷气式战斗机的问题。德国——有意思的是德国很支持战后非洲的民族独立运动，特别是支持阿尔及利亚的民族独立运动——很快作出了反应，表示愿意向葡萄牙出售一些德国空军使用过的二手菲亚特 G.91R-4 战斗侦察机，但是附带条件是这些战斗机只能在葡萄牙的领土上使用。里斯本非常爽快地同意了这个条件，但是在得到这些菲亚特 G.91R-4 战斗侦察机之后，立刻在1966年将其用于殖民的战争，理由是这些殖民地是“属于葡萄牙的领土”。
菲亚特 G.91R-4 战斗机很快成为葡萄牙空军在非洲最重要的武器，这种战斗机可靠性非常好，维修保养简单，可以在距离短、条件差的机场跑道起降，最重要的是其对地攻击性能非常良好。菲亚特 G.91R-4 战斗机装备了四门 12.7 毫米机关炮，而且在经过特别设计的机首部可以安装三架照相机，因此具有相当出色的战斗侦察能力。
菲亚特 G.91R-4 战斗机
到了 1967 年，几佛独立党游击队宣布总共对葡萄牙殖民军的军营发起了 147 次袭击，22 次袭击了机场，并且组织了对殖民军军队的 476 次伏击行动。他们还宣布总共控制了几内亚比绍超过三分之二的领土以及超过一半的人口。在南部，他们建立了比较巩固的解放区，东南部的解放区已经连成一片。在东北部，爱国武装不断压缩敌人的据点。在北部，爱国武装的活动逐渐扩展到殖民统治中心至比绍市的周围。在解放区内，已建立起区、分区、乡、村委会四级政权组织，还建立了经济委员会、商业机构，发展农业生产，粮食基本可以自给自足。随着实力的增强，几佛独立党逐渐改变了武装斗争的形式，将以游击战争为主的作战改为以大规模正面作战为主，在全国范围内对葡萄牙殖民军发起攻击，并将游击队改组成立了人民革命武装部队。
葡萄牙空军在比绍的比萨兰卡空军基地，图中可见 G.91R-4 和 T-6“德克萨斯人”
