在这个总体安排的前提下，对个别情况特殊的县(市、区)先进性教育活动的安排，省(自治区、直辖市)党委可根据党员在城乡分布的实际情况作适当调整。党员在县内流动的，一般应在原单位党组织参加先进性教育活动；在县外流动的，一般应在流入地党组织参加先进性教育活动。停产关闭破产、生产经营困难和正在改制的国有企业，如党组织不健全或不能正常发挥作用，其先进性教育活动的安排，可在坚持总的要求的前提下，区别对待，灵活安排。要保证先进性教育活动覆盖到全党所有的基层组织，力争使每个党员都参加活动、受到教育。
在每批的半年时间内，各单位集中学习教育的起止时间，可在确保质量的前提下，根据实际情况灵活掌握和安排，但一般不得少于3个月。集中学习教育分三个阶段进行。
第一阶段：学习动员。进行广泛深入的思想发动，组织好党员的学习培训，使广大党员进一步深化对邓小平理论和“三个代表”重要思想的理解，深化对党的十六大和十六届三中、四中全会精神的理解，提高对加强党的执政能力建设的认识，明确新时期保持共产党员先进性的基本要求。组织党员认真学习《保持共产党员先进性教育读本》，重点学习党章。根据党员的实际情况，采取个人自学、专题辅导和上党课等多种形式，确保学习培训的效果。党员领导干部要积极参加所在党支部组织的专题学习，参加党委(党组)理论学习中心组的专题学习。
第二阶段：分析评议。在认真学习的基础上，组织党员和党员领导干部，对照党章规定的党员义务和党员领导干部的基本条件，按照“两个务必”和“八个坚持、八个反对”的要求，全面总结自己近年来的思想、工作和作风等方面的情况，重点检查存在的问题，从世界观、人生观、价值观上剖析思想根源，领导干部还要从权力观、地位观、利益观方面进行剖析。有书写能力的要撰写党性分析材料。党组织要采取适当方式广泛征求群众意见，并将征求到的意见如实向党员反馈；领导机关和党员领导干部要多渠道多层次征求有关方面的意见。在广泛开展谈心活动的基础上，召开专题组织生活会，党员之间进行评议，开展批评与自我批评。领导班子还要召开党员领导干部专题民主生活会。党支部根据民主评议的情况、征求到的群众意见和党员的一贯表现，提出对每个党员的评议意见。