1．核素标记物放射性核素是目前应用最多的一类探针标记物。放射性核素的灵敏度极高，可以检测到10-14～10-18克的物质，在最适条件下可以测出样品中少于1000个分子的核酸含量。常用标记核酸探针的核素有32P、3H、35S，在Southern印迹杂交中以“P最常用。还应根据标记方法的不同选择相应标记方位的核素，一般情况下，大多数标记方法需要的是a—32P，而5，末端标记必须是r-32P。
2．非放射性标记物多年来，科学家们致力于寻找一些安全、可靠、灵敏度高的物质代替放射性核素用于核酸分子杂交，并取得了一定的进展，部分非放射性标记物已在国内外逐步推广使用。其优点是无放射性污染，可以较长时间存放，从而更便于临床诊断等方面的应用。但此类非放射性标记物的缺点是灵敏度及特异性都不太高。根据其检测方法，非核素标记物可分为以下4类。
（1）半抗原：生物素（biotin）和地高辛（DIG）都是半抗原，可以利用这些半抗原的抗体进行免疫学检测，根据显色反应检测杂交信号。这两种物质是目前使用较普遍的非核素标记物。
（2）配体：生物素不仅是半抗原，故可用生物素与亲和素反应进行杂交信号的检测。
（3）荧光素：如FITC、罗丹明类等，可以被紫发出荧光进行观察，主要适用于细胞原位杂交。
（4）化学发光探针：一些标记物可与某种物质反应产生化学发光现象，通过化学发光可以像核素一样直接使X线胶片上的乳胶颗粒感光。化学发光探针可能是今后非核素标记物研究的主要方向。
