通过采用清污分流的办法，将受到致病菌污染的含菌污水同其他污水分开，只对含菌污水进行消毒处理。这样就可以缩小医疗机构污水处理站的规模，节省投资费用。为了降低处理费用，小型医疗机构可采用简单的处理工艺，如50张床位以下的机构适于采用小型医疗污水处理设备处理污水，而大型可以采用自动化程度较高的医疗污水处理设备。
根据医疗机构的类型不同，如传染病、 结核病等机构的污水含有肠道病毒、结核杆菌等，同时含有较多的消毒剂等化学物质，所以要求较高级的处理，较高的余氯量和较长的接触时间，管理要求也比一般的医疗机构严格，所以投资费用也较高。