一、使用的时候要用液下泵将牛粪水或者猪粪水抽送至牛粪固液分离机内，然后经分离机螺旋挤压脱水，经螺旋挤压过滤分离出的牛粪废水可直接派送至沼气池发酵沼气或排送至其废水沉淀池等，固体干粪由出料口挤出。
二、牛粪是一种非常好的有机肥，有不少农户用其做肥料，但是在使用的时所用的牛粪必须经过腐熟，待其充分发酵分解后再使用，否则它在发酵时释放的热量有可能伤害植株，同时有可能将病菌引入土内。
所以说经过牛粪固液分离机处理的牛粪不是马上就可以使用的，还需要注意它的浓度以及是否经过发酵，在农田的使用的时候可以提倡做基肥，进行沟施。