对于我们常见的毕业论文还是投稿发表的文章，都是有参考文献的，标注了自己的论文中参考了哪些学术文章，所以对于参考文献来说，内容都是些已发论文的标题、信息、时间等，所以这些内容无论再怎么检测都是会被标红，草根期刊网表示都是算抄袭的。
但是对于目前的论文检测系统来说，参考文献这部分内容是被排除不检测的，只要作者把这些参考文献的格式写正确，检测系统都是能够正常识别不进行检测，所以在很多检测报告中可以看到参考文献的内容是灰色显示（如知网论文检测系统），那就说明没有参与整篇论文检测。
但是对于有些个别的论文检测系统，比如Paperpass论文通行证来说，是无法识别的参考文献的，所以在检测的时候草根期刊网建议不要提交检测。